Индия одобрила первую в мире вакцину на основе ДНК против COVID-19, не требующую инъекции [1], но есть несколько моментов.

Если мы откроем исследование, посвящённое I/II фазам КИ [2], то и без того небольшую группу в 126 человек разделили на 4 подгруппы (плеча исследования):
- 1 мг, обычная инъекция
- 1 мг, безыгольная инъекция (NFIS = needle-free injection system)
- 2 мг, обычная инъекция
- 2 мг, безыгольная инъекция

Для полной иммунизации требовалось 3 инъекции по схеме 0-28-56 дней, при этом 100% иммуногенность (ожидаемая для такой небольшой группы, ДНК-вакцины, трёх введений препарата и увеличенного интервала по сравнению с другими вакцинами) наблюдалась исключительно в группе 2 мг, обычная инъекция. Для 2 введений 100% иммуногенность не была достигнута ни в одном плече исследования.

Можно констатировать, что в целом исследование интересное, но данная ДНК-вакцина пока что не достигает показателей векторных или мРНК-вакцин. Сама идея ДНК-вакцин, безусловно, заслуживает пристального внимания, и мы надеемся на успех этой разработки.

Система безыгольной инъекции не оправдывает своё предназначение и, как мы считаем, не должна использоваться без существенной доработки.

Саму вакцину имеет смысл использовать в III фазе КИ исключительно в дозировке 2 мг, 3 обычных инъекции по схеме 0-28-56 дней.

1. https://t.me/covid19_docmed/309
2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S258953702100300X

Группа независимых исследований вакцины «ЭпиВакКорона» опубликовала статистику по заболеваемости в разрезе различных вакцин [1]. Отталкиваясь от этих данных (считая, что количество привитых различными вакцинами оценено правильно), мы можем посчитать доверительные интервалы и примерную эффективность каждой вакцины.

Для расчёта доверительного интервала мы используем угловое преобразование Фишера (также можно использовать метод Уилсона, в русскоязычной литературе применяется реже) [2].

– Спутник V: 2.990.000 вакцинированных, 256 заболевших, 86 (95% CI = 75..96) заболевших на 1 миллион;
– ЭпиВакКорона: 90.000 вакцинированных, 61 заболевший, 678 (95% CI = 518..858) заболевших на 1 миллион;
– КовиВак: 20.000 вакцинированных, 4 заболевших, 200 (95% CI = 52..444) заболевших на 1 миллион;
– Невакцинированные: 4344 заболевших, 600 (95% CI = 582..618) заболевших на миллион (указанное значение в 248 дано с учётом иммунной прослойки населения, но посчитано некорректно; также мы считаем некорректным вычитать иммунную прослойку населения, так как переболевшие вакцинируются тоже; вопрос расчёта иммунной прослойки лежит за пределами нашей небольшой заметки).

Таким образом, мы можем рассчитать эффективность каждой из вакцин на основе представленных данных:

– Спутник V: 83,5..87,9%
– ЭпиВакКорона: (минус) -47,4..16,2%
– КовиВак: 23,7..91,6%

Результаты совпадают с ожиданиями: Спутник V показывает высокую эффективность, ЭпиВакКорона – полную неэффективность, для расчёта эффективности КовиВака данных недостаточно.

1. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/2125
2. А. М. Гржибовский, Доверительные интервалы для частот и долей, http://medstatistic.ru/articles/doveritelnye-intervaly-dlya-chastot-i-doley.pdf

Очень интересный препринт [1], показывающий, что наличие Т-клеточного ответа при титре антител ниже референса (однако, значимо отличимых от шума) не особо отличается в плане протективности от отсутствия какого-либо ответа. Это предполагалось и ранее, теперь есть сильное свидетельство.

Напомним, что по результатам народного исследования иммуногенности вакцины КовиВак [2] была получена следующая оценка: в ~50% случаев сероконверсии не было вообще, а какая-либо значимая оценка титра антител наблюдалась в единичных случаях: 1-3 квартили по Abbott Architect поместились ниже 100 AU/ml, лишь 35% значений было выше референса теста, в случае Diasorin лишь 15% значений было в серой зоне либо выше. Это как раз тот случай, что рассматривается в исследовании [1].

В настоящий момент подходит к заключительной фазе исследование «Ищем защитный титр для Delta» [3], основанное как раз на оценке титра антител этими тестами. Это исследование предварительно показывает значимую корреляцию оценки титра с вероятностью заболевания, и оценки титра антител, необходимые для значимой протективности, нерадужные даже для тех вакцинированных КовиВаком, кто имеет значения выше референса.

На нынешний момент КовиВак не должен рассматриваться как вакцина в принципе; например, не рассматривается как вакцина показавшая значительно лучшие результаты CureVac CVnCoV[4].

Вероятно, следует констатировать, что из двух российских вакцин получилась только одна – Спутник (двух, потому что ЭпиВакКорона вакциной не является). В приоритете для вакцинированных КовиВаком должен быть буст векторной или мРНК-вакциной, причём чем скорее, тем лучше. А практика введения в оборот вакцин без должным образом пройденной 3 фазы КИ ведёт к печальным последствиям.

1. A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2-specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
2. Единая Вакцина. Новости вакцинации от коронавируса, https://t.me/vaccinationcovid/3181
3. Телеграм-КИ «Ищем защитный титр для Delta», https://t.me/delta_self_research
4. CureVac COVID vaccine let-down spotlights mRNA design challenges, https://www.nature.com/articles/d41586-021-01661-0

Немного странный пресс-релиз [1,2], который гласит, что защита от тяжёлого течения после вакцинации Спутником составляет 81%. Нам не удалось найти сам препринт (правда, не сильно и старались), и пока что не совсем понятно, как был получен результат.

Дело в том, что исследование проводилось на группе людей, заболевших COVID-19, а посчитать эффективность вакцины от тяжёлого течения заболевания или летального исхода нельзя без данных об остальной популяции (вероятно, эти данные использовались, потому что средняя оценка, полученная нами, близка к заявленному 81%).

В случае, когда не используем данные о популяции, мы сталкиваемся здесь с вероятностным парадоксом, связанным с нерепрезентативной выборкой (другой пример – попытки посмотреть на количество тяжело болеющих в Израиле, парадокс Симпсона – просто оставим ссылку [3]).

В чём же здесь может крыться парадокс? Рассмотрим гипотетическую ситуацию с группами в 100.000 человек, привитых и непривитых. Допустим, у нас будет:
Непривитых 1.000 больных, 100 тяжело больных;
Привитых 100 больных, 30 тяжело больных.

Если мы будем считать относительно количества больных, то получим отрицательную эффективность:
1 - (30/100)/(100/1000) = 1 - 0.3/0.1 = 1 - 3 = -200%,
хотя на самом деле, конечно же, эффективность против тяжёлого течения составляет
1 - (30/100) = 70%

Таким образом, чтобы рассчитать эффективность вакцинации против тяжёлого течения, нам потребуется знать размер групп привитых и непривитых (либо их соотношение). Так, мы знаем, что на 7 августа (примерная дата окончания исследования) в Санкт-Петербурге полностью привито примерно 20,5% населения, а одним компонентом – 25,7% [4]. Исходя из количества в 17 тяжело заболевших привитых и 467 непривитых [2], эффективность против тяжёлого течения составила:

1 - (17/привитых)/(467/непривитых) = 1 - (17/467)(непривитых/привитых) = 1 - (17/467)((100-25,7) / 20,5) = 86,8%

Если мы будем считать на начало периода (3 июля), то полностью привитых будет 13,4%, одним компонентом – 17,5%, и эффективность составит:
1-(17/467)((100-17,5) / 13,4) = 77,6%

Средняя оценка (82,2%), таким образом, действительно близка к заявленной эффективности против тяжёлого течения в 81%.

Нам бы хотелось увидеть методику расчёта, применённую в этом исследовании для того, чтобы делать какие-то окончательные выводы, и обратить внимание на то, что нам неизвестно, какой именно вакциной были привиты эти самые 17 человек – а это, на наш взгляд, крайне важно.

1. Вакцинация защищает пациентов с COVID-19 от госпитализации и тяжелого поражения легких: независимое исследование, https://eusp.org/news/vakcinaciya-zaschischaet-pacientov-s-covid-19-ot-gospitalizacii-i-tyazhelogo-porazheniya-legkikh-rezultaty-nezavisimogo-issledovaniya
2. Эффективность "Спутника" равна 81%, выяснили ученые из Петербурга, https://www.bbc.com/russian/news-58235075
3. https://twitter.com/nat_anest/status/1428297840808374280?s=21
4. Статистика вакцинации от коронавируса, https://gogov.ru/articles/covid-v-stats

Нам принесли публицистическую статью [1], описывающую ряд случаев возможных поствакцинальных осложнений (ПВО). Нам бы хотелось обратить внимание на несколько рассуждений, касающихся поиска причинно-следственной связи этих явлений с вакцинацией.

Несмотря на то, что вакцинация является самым безопасным методом борьбы с инфекционными заболеваниями, уже достоверно установлена связь применения вакцины AstraZeneca с редкими тромбозами [2], преимущественно у молодых женщин, а мРНК-вакцин – с миокардитами [3], в основном у молодых мужчин (следует отметить, что миокардиты в целом встречаются чаще в этой группе).

Как такую связь установить? Самый очевидный путь – накопить статистику и провести анализ. Однако эти события столь редки, что заметить их практически невозможно – как, например, тромбозы после AstraZeneca не будут видны в общей картине тромбозов; более того, количество тромбозов в группе вакцинированных может быть даже ниже, чем в контрольной группе.

Тем не менее эти тромбозы наступают спустя определённое время после вакцинации и характеризуются наличием антител к комплексу PF4/полианион; если мы примем это во внимание, то действительно сможем в статистике по нескольким десяткам миллионов человек увидеть крошечный пик (частота 1:100000 или ниже).

Есть, впрочем, способы нестатистические: например, в том случае, когда поражение наблюдается локально, а современные методы исследования чётко указывают на место инъекции как на источник распространения проблемы (нам известно о таком инциденте).

Однако большинство случаев нежелательных явлений и возможных ПВО, которым приписывается связь с вакцинацией, являются обычным совпадением, которого не избежать на больших выборках. Другая часть явлений явно должна быть отнесена к заражению ковидом в период вакцинации (вакцинация не утяжелит, но и не облегчит течение ковида).

Призываем вас носить средства индивидуальной защиты до, во время и после вакцинации. Также нам очень бы хотелось, чтобы была доступна открытая официальная статистика по нежелательным явлениям и возможным поствакцинационным осложнениям, как это делается во всём цивилизованном мире, а также разработаны рекомендации по раннему выявлению и своевременному лечению подобных явлений, если они действительно существуют.

1. Я умер спустя семь часов, https://holod.media/2021/08/17/side-effects/
2. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/3
3. Myocarditis After BNT162b2 and mRNA-1273 Vaccination, https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.121.055913

Шиповидный белок (спайк, S-белок) SARS-CoV-2 является гомотримером (состоит из трёх одинаковых частей). В S-белке можно выделить субъединицы S1 (связывание) и S2 (слияние).

S1 содержит три домена:
NTD – N-терминальный домен
RBD – рецептор-связывающий домен, содержащий RBM – рецептор-связывающий мотив, участок, непосредственно связывающийся с рецептором клетки ACE2 (АПФ2, ангиотензин-превращающий фермент 2)
CTD – C-терминальный домен

На иллюстрации (PDB ID: 7DDN) мы раскрасили различные домены S1 и субъединицу S2 одного из мономеров шиповидного белка.

Нам принесли интересную статью про вакцинацию в Эстонии [1], где говорится о том, что ~22% заболевших были вакцинированы. Давайте возьмём сырые цифры и посмотрим хотя бы примерно на эффективность вакцины (разумеется, при полном цикле вакцинации):

344 случая заболевания всего
270 невакцинированы (nv)
17 вакцинированы полностью (v2)
57 вакцинированы одной дозой

В целом по стране:
585918 человек вакцинировано полностью (pv2)
675335 человек получили как минимум одну дозу
Население 1330068 человек [2], таким образом, невакцинированных 654733 человека (pnv).

Процент заболевших среди вакцинированных v2r = 17/585918 = 0,003%
Процент заболевших среди невакцинированных nvr = 270/654733 = 0,041%

Эффективность = 1 - (v2r/nvr) = 1 - (v2/pv2) / (nv/pnv) = 1 - v2*pnv/pv2*nv = 1 - 17*654733/585918*270 = 93%

Это поистине потрясающая эффективность даже без учёта возрастных групп.

1. За сутки в Эстонии прибавилось 344 случая заражения коронавирусом, 78% не прошли вакцинацию. Скончались два человека: https://rus.delfi.ee/statja/94270291/za-sutki-v-estonii-pribavilos-344-sluchaya-zarazheniya-koronavirusom-78-ne-proshli-vakcinaciyu-skonchalis-dva-cheloveka
2. Statistics Estonia, Statistical Database: https://andmed.stat.ee/en/stat/rahvastik__rahvastikunaitajad-ja-koosseis__rahvaarv-ja-rahvastiku-koosseis/RV021

Вы наверняка уже слышали про реакцию нейтрализации вируса, в контексте разных вакцин и разных вариантов вируса. А как, собственно, производят расчёты при оценке результатов?

Сама реакция нейтрализации основана на способности вируснейтрализующих антител блокировать патогенные свойства вируса. Её ставят на культурах клеток (не только, но нас интересует именно этот вариант).

Принцип заключается в том, что известный нам вирус (SARS-CoV-2) и исследуемую сыворотку (содержащую антитела) добавляют к культуре клеток. При нейтрализации вируса антителами индикаторные объекты – клетки – продолжают существовать, в контроле происходит их гибель (или характерные изменения).

Для этого готовят разведения сыворотки с определённым шагом (например, 1:2) и, начиная с определённого разведения (например, 1:8) проводят реакцию нейтрализации. Каждое разведение ставится кратно.

Для расчётной величины титра примем величину, при которой клеточная культура в 50% случаев окажется поражена (CPD50).

Исходные данные:
n – число лунок на каждое разведение;
d – логарифм шага разведения;
D – логарифм максимального шага разведения, ниже которого наблюдается 100% поражение;
p – число лунок, в которых наблюдается поражение клеток, для разведения, соответствующего D, и всех разведений ниже.

Тогда log CPD50 = D + (d/n) (p - n/2) = D + dp/n - d/2 – формула Спирмена-Кербера.

К примеру, у нас n = 4 лунки на каждое разведение, d = 1 (разведение 1:2, удобно использовать логарифм по основанию 2), результаты:
1:8 – 0 лунок
1:16 – 0
1:32 – 1
1:64 – 3
1:128 – 3
1:256 – 4 (разведение, соответствующее D)
1:512 – 4

p = 1+3+3+4 = 11
D = log₂ 1:256 = -8

log₂ CPD50 = D + dp/n - d/2 = -8 + 1*11/4 - 1/2 = -8 + 2,75 - 0,5 = -5,75
CPD50 = 2^-5,75 = 1/2^5,75= 1:54

Разумеется, мы могли бы считать через десятичный логарифм, d = lg 2 = 0,3; D = lg 1:256 = -2,408; lg CPD50 = -2,408 + (0,3*11) / 4 - 0,3/2 = -1,733; CPD50 = 1/10^1,733 = 1:54.

Формула Спирмена-Кербера очень удобна и даёт результат с высокой точностью.

* Обязательно ставятся контроль культуры (с нормальной сывороткой) и контроль вируса.
* Можно ставить и сыворотку с разведениями вируса. Обычно сыворотку 1:4 или 1:8 и десятикратные разведения вируса.
* В реакции микронейтрализации, возможной там, где есть культура, высокочувствительная к данному вирусу, четким ЦПД (цитопатическим действием), можно использовать большее число повторностей в каждом разведении, что увеличивает точность метода.

Опубликована [1] первая статистика по иммуногенности КовиВака (по данным народных отчётов V1V2)

Неболевшие и невакцинированные ранее: 218 отчётов с титрами IgG; тест-системы Diasorin (S), Abbott (RBD) и Mindray (N+RBD).

За референсы тест-систем были взяты нижние границы «серой зоны» тестов. Для Diasorin и Abbott указан порог чувствительности: 3,8 OE/ml и 21 AU/ml соответственно. Отрицательные результаты ранее 35-го дня после V1 не учитывались.

47,5% результатов Abbott и 50% результатов Diasorin были ниже порога чувствительности. 55% результатов Mindray были ниже референса. Выше референса были 34,8% результатов Abbott и 15% результатов Diasorin.

Неизвестно, насколько результаты выше порога чувствительности, но ниже референса могут иметь какое-либо значение.

Общая сероконверсия после 42 дней: 44,4%.

Спойлер (ждём публикации, можно самостоятельно найти в чате отчётов [2]):
Болевшие либо вакцинированные: в нескольких отчётах наблюдалось падение титра антител. Значимого роста зафиксировано не было.
Ревакцинация Спутником после Ковивака: во всех случаях наблюдался значительный (на два порядка) рост титра антител. Титр после иммунизации КовиВаком был выше либо незначительно ниже референса, но значительно выше порога чувствительности; таким образом, данных по ревакцинации серонегативных после КовиВака нет.

Близкие значения (47,5%; 50%, 55%) для разных тест-систем говорят о том, что иммуногенность вакцины КовиВак в отношении субъединиц S-белка и в отношении N-белка примерно одинакова.

Резюме:
– иммуногенность КовиВак ниже 50%, рассматривать как самостоятельную вакцину его не следует;
– использование КовиВака для ревакцинации не даёт значимого роста титра IgG;
– использование КовиВака как прайма с последующим бустом Спутником, вероятно, эффективно (в том случае, если титр антител был выше границы определения).

Согласно заявлениям центра Чумакова, иммуногенность вакцины во 2 фазе КИ находилась на уровне 85%. Можно выдвинуть следующие гипотезы, почему наблюдаемая иммуногенность в ГВ оказалась значительно ниже:

– нестабильное качество серий (различное количество и качество антигена);
– не отработан режим инактивации без потери иммуногенности;
– не соблюдается режим хранения и ввода;
– некачественный ввод на местах (важно для инактивированных препаратов).

[1] https://t.me/CoviVacChumakova/158367
[2] https://t.me/Covivac_results

Нам стоит опять вернуться к разбору ситуации вокруг ЭпиВакКороны и посмотреть на майский препринт Роспотребнадзора [1].

Согласно этому препринту, оценивалась «иммунологическая эффективность» вакцинации пептидным препаратом ЭпиВакКорона. Под «иммунологической эффективностью» в изложении Роспотребнадзора понимается попросту иммуногенность, к эффективности имеющая опосредованное отношение (эффективность строго меньше либо равна иммуногенности при отсутствии влияния факторов небиологических).

Согласно этому документу, из 807 человек, иммунизированных ЭпиВакКороной с 12 декабря 2020 года по 15 мая 2021 года, заболело после двух доз вакцины 37 (4,58%).

Две дозы вакцины могли быть получены не раньше чем через 14 дней после начала вакцинации, то есть 26 декабря 2020 года. На эту дату в Москве было зафиксировано 779584 заболевших, на конец периода – 1134308 заболевших, за указанный период заболело 354724 человек.

Численность населения Москвы составляет 12655050 человек [2]. Таким образом, заболеваемость составила 2,8%. Мы можем улучшить эту оценку: на 18 мая в Москве было вакцинировано 1300000 человек, таким образом, мы можем считать, что на 15 мая было не менее 1 миллиона человек, вакцинированных Гам-КОВИД-Ваком [4]. Мы примем эпидемиологическую эффективность Гам-КОВИД-Вака равной 70% [5]. Также мы можем считать, что в среднем детей в Москве 13% [6], в то время как болеют они существенно реже – 7,6% [7].

Заболеваемость среди непривитых тогда составила (354724-1000000*0,028*0,7)*0,924 / ((12655050-1000000)*0,87) = 3,05%

Количество смертей от коронавируса на начало периода составило 10840 человек, на конец – 19186 человек (0,066 %); среди иммунизированных ЭпиВакКороной – 2 человека (0,25%). Однако здесь статистика столь мала, что принимать её во внимание не стоило бы, если бы нам не было достоверно известно, что как минимум одна из этих смертей напрямую вызвана ковидом [3].

Таким образом, опираясь на данные Роспотребнадзора, эпидемиологическая эффективность ЭпиВакКороны составила порядка 1-(4,58/3,05) = -50% (минус 50%).

Резюме:
Учитывая наши предыдущие расчёты [5], показавшие похожую картину в Санкт-Петербурге, следует признать существование сильного свидетельства в пользу отрицательной эпидемиологической эффективности ЭпиВакКороны.

1. Плоскирева А.А. et al, Первый опыт вакцинопрофилактики коронавирусной инфекции COVID-19 пептидной вакциной «ЭпиВакКорона». https://covid19-preprints.microbe.ru/article/249
2. Росстат, Оценка численности постоянного населения на 1 января 2021 года и в среднем за 2020 год, https://web.archive.org/web/20210319185917/https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/wJkrbrPg/Popul2021_Site.xls
3. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/1149
4. Gogov, Количество привитых от коронавируса в Москве, https://gogov.ru/covid-v-stats/msk#data
5. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/10
6. GISGeo, дети и пенсионеры на карте Москвы, https://www.gisgeo.org/research/city/demography-of-the-moscow-population.html
7. Interfax, Почти 2 тыс. детей госпитализированы с COVID-19 в Москве за время пандемии, https://www.interfax.ru/moscow/737006

За прошедшие полтора года пандемии мы были свидетелями появления очередных панацей чуть ли не каждый месяц. Недавно очередной такой препарат – ивермектин – ожидаемо показал отсутствие эффективности в кокрейновском обзоре [1].

Перечислим некоторые препараты без доказанной эффективности, применявшиеся против COVID, и риски, связанные с этим.

– Лопинавир/ритонавир (калетра), ингибитор аспартатной протеазы ВИЧ-1, был предложен в качестве этиотропной терапии на основании окказионального свидетельства. Ингибиторы протеаз ВИЧ-1 напрямую влияют на деятельность поджелудочной железы, и хотя это влияние не столь значительно на коротких промежутках времени, полностью исключить роль в развитии побочных эффектов лечения нельзя, в то время как сам препарат никакого положительного влиятия на исход болезни не показывает [2].

– Азитромицин и иные антибиотики. Ничем не обусловленное назначение и бесконтрольное использование антибиотиков привнесло заметный вклад в избыточную смертность на протяжении пандемии. Выделим три основных фактора влияния:
· отсутствие достаточного количества антибиотиков для пациентов, реально нуждавшихся в них;
· появление новых антибиотикорезистентных инфекций (фактор, который выйдет на первое место в ближайшем будущем);
· непосредственно антибиотико-ассоциированные смерти.

Последний пункт проиллюстрируем кейсом из системы V1V2: пожилая женщина, ковид, КТ 50-70%, применение ряда антибиотиков, антибиотико-ассоциированный C. difficile псевдомембранозный колит, летальный исход.

– Применение нуклеозидных аналогов не снижает вероятность летального исхода. Для ремдесивира была найдена корреляция со временем нахождения на лечении. Для фавипиравира какая-либо эффективность in vivo не была показана ни в отношении SARS-CoV-2, ни в отношении какого-либо другого вируса. Побочные эффекты фавипиравира включают тератогенность [3].

– Гидроксихлорохин не показал какой-либо эффективности [4] при наличии широкого спектра побочных явлений. Отсутствие гидроксихлорохина для лечения ревматологических пациентов могло повлечь за собой избыточную смертность.

– Для полноты картины упомянем умифеновир (арбидол) – средство, не показывающее никакой эффективности в отношении любых заболеваний. Необычным для нас было то, что применение арбидола коррелирует с повышенным риском летального исхода [5].

Краткое резюме: массовое употребление лекарственных средств с недоказанной эффективностью в отношении SARS-CoV-2 и вызываемой им болезни COVID-19, вероятно, могло сыграть роль в избыточной смертности за период пандемии.

1. Maria Popp et al, Ivermectin for preventing and treating COVID‐19, https://www.cochranelibrary.com/cdsr/doi/10.1002/14651858.CD015017.pub2/full
2. Betsy Ann Joseph et al, Efficacy and safety of lopinavir/ritonavir in the treatment of COVID-19: A systematic review, https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/14787210.2021.1848545
3. Kimiyasu Shiraki et al, Favipiravir, an anti-influenza drug against life-threatening RNA virus infections, https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0163725820300401
4. Thibault Fiolet et al, Effect of hydroxychloroquine with or without azithromycin on the mortality of coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients: a systematic review and meta-analysis, https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S1198-743X(20)30505-X/abstract
5. Xianlong Zhou, Arbidol is associated with increased in-hospital mortality among 109 patients with severe COVID-19: A multicenter, retrospective study, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8284661/

Антителозависимое усиление инфекции (АЗУИ, ADE) и SARS-CoV-2

Ранее в анализе отрицательной эпидемиологической эффективности ЭпиВакКороны [1] мы отметили гипотезу АЗУИ как маловероятную. Вероятно, нам стоит пояснить, что это за эффект.

Мономерный иммуноглобулин, например, IgG, выглядит как буква Y и состоит из двух вариабельных регионов Fab («рожки»), которые связываются с антигеном (вирусным белком), и константного региона Fc («ножка»). Рецепторы иммунных клеток (FcγR) связываются с регионом Fc. В том случае, если антитела не являются нейтрализующими, вирус остаётся активным и способным проникать в иммунную клетку, где сможет реплицироваться – в этом случае антитела усиливают инфекцию.

Такой эффект действительно может наблюдаться, если существуют различные серотипы вируса, как у вируса Денге [2] – разные конформации поверхностных белков, в результате чего антитела, высокоаффинные к одному серотипу, являются низкоаффинными к другому. Параллельное развитие нескольких вариантов не показано для SARS-CoV-2 – дельта быстро вытесняет все остальные варианты.

При этом вирусу необходимо не только проникнуть в иммунную клетку, но и уметь реплицироваться в ней, что не было показано для SARS-CoV-2 [3].

Создание вакцины от Денге Dengvaxia, вероятно, натолкнулось как раз на проблемы с АЗУИ [4]. Эффект АЗУИ можно достаточно часто заметить in vitro, в то время как in vivo он себя не проявляет. При этом важную роль может играть Т-клеточный ответ, в том числе на неструктурные (не составляющие оболочку и капсид) белки вируса, которых в этой химерной (созданной из частей генома разных серотипов вируса) вакцине не было. Даже в случае Денге проявление эффекта АЗУИ крайне редко.

Коронавирусы на такой эффект тоже способны, и высказывались обоснованные предположения, как АЗУИ могло бы происходить и проявляться [5,6]. В частности, возникновение Кавасаки-подобного мультисистемного воспалительного синдрома (MIS) пытались связать с АЗУИ [5]; но при этом приходится сделать несколько предположений:
– т.к. MIS возникает спустя 1-2 месяца после перенесённого заболевания, нужно предположить реинфекцию в короткий срок либо же персистенцию SARS-CoV-2 (пока что была показана только для иммунокомпрометированных пациентов);
– эфффект АЗУИ действительно существует для SARS-CoV-2 (не было показано, для ознакомления рекомендуем [7]);
– патогенез MIS-миокардита как-то связан с фагоцитами (моноцитами/макрофагами/дендритными клетками).
Всё это представляется маловероятным в силу отсутствия доказательств.

При наличии АЗУИ мы бы уже массово наблюдали его в популяции, в том числе среди переболевших. Полностью исключить его появление в результате эволюции вируса мы не можем, однако вакцинация снизит скорость эволюции вируса.

Методы борьбы с потенциальным АЗУИ понятны из вышеописанного – нужно использовать вакцины, дающие ответ на актуальные варианты вируса (выполняется в случае с дельта-вариантом), и дающие ответ Т-киллеров (выполняется для векторных/мРНК-вакцин частично – ответ только на S-белок, в то время как доминантные Т-клеточные эпитопы, похоже, находятся в других белках [8]).

1. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/11
2. Scott B. Halstead, Neutralization and antibody-dependent enhancement of dengue viruses, 2003
3. Zaid Abassi et al, The Lung Macrophage in SARS-CoV-2 Infection: A Friend or a Foe?, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.01312/full
4. Ann M. Arvin et al, A perspective on potential antibody-dependent enhancement of SARS-CoV-2, https://www.nature.com/articles/s41586-020-2538-8
5. Darrell O. Ricke, Two Different Antibody-Dependent Enhancement (ADE) Risks for SARS-CoV-2 Antibodies, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.640093/full
6. Wen Shi Lee et al, Antibody-dependent enhancement and SARS-CoV-2 vaccines and therapies, https://www.nature.com/articles/s41564-020-00789-5
7. Алёна Макарова об АЗУИ, https://t.me/doctors_scientists_against_covid/125782
8. Kazuma Kiyotani et al, Bioinformatic prediction of potential T cell epitopes for SARS-Cov-2, https://www.nature.com/articles/s10038-020-0771-5

Итак, у нас очередная самая безопасная и высокоэффективная вакцина, на этот раз Бетувакс.

Пиарщики Бетувакса раскидали рекламу своего продукта по всей сети, при этом не гнушаясь откровенной неправды. Мы просто процитируем и попробуем разобрать часть их утверждений.

– «Бетувакс - лучшая вакцина в России для ревакцинации… Ревакцинация Спутником V может быть неэффективна [1]»

На самом деле то, что ревакцинация аденовекторными вакцинами более чем возможна, известно уже с 2003 года. Именно тогда началось исследование Step (провалившееся по совершенно другим причинам [2]), аденовекторной (Ad5) вакцины от ВИЧ. Существовавший к данному серотипу аденовируса иммунитет не являлся помехой. Временные границы между двумя эффективными введениями аденовекторной вакцины удалось выяснить во время исследований вакцины AstraZeneca [3]: они составили 12 недель. Народные исследования [4] также подтверждают возможность ревакцинации.

– «Бетувакс — самая безопасная российская вакцина от COVID-19.»

На самом деле мы ничего не знаем о безопасности этой вакцины, так как I/II фазы КИ попросту не проводились.

– «При введении Бетувакса антитела вырабатываются только на те белки, на которые нужно. В случае векторных вакцин или вакцин на основе ослабленного вируса антитела вырабатываются на широкий спектр белков, что вызывает побочные эффекты. »

Нет. Побочные эффекты возникают по самым различным причинам, опаснее всего анафилаксия, которая действительно может привести к печальным последствиям. Здесь нам стоит обратиться к статистике Аргентины [5], согласно которой у Спутника V зафиксировано 0,8 анафилаксий на миллион доз – хороший показатель: к примеру, для вакцин против гриппа он составляет порядка 1 анафилаксии на миллион доз [6].

А ведь Бетувакс, по заявлениям, является вакциной «на основе сферических частиц из природного материала». Получится ли достичь такого профиля безопасности в отношении реакций немедленного типа? Мы бы не были уверены в этом, даже проведя I/II фазы КИ.

А аттенуированных вакцин от SARS-CoV-2 пока что не существует.

– «Бетувакс может быть быстро адаптирован к новым штаммам вируса.»

Нам бы очень хотелось узнать, каким образом субъединичная вакцина может быть адаптирована ещё быстрее, чем векторная или тем более мРНК-вакцина, весь цикл адаптации которых под новый вариант вируса занимает от нескольких часов до недели.

Ремарка: по всей видимости, Novavax, на который и пытается равняться Бетувакс, действительно удалось совершить прорыв и приблизиться к уровню эффективности векторных и мРНК-вакцин, использовав весьма интересный адъювант [7]. Однако приблизиться – не значит достичь, а в данном случае мы даже не знаем, насколько работоспособна вакцина в принципе.

Хотелось бы верить в успех этой разработки, но нам положено быть скептиками. А ещё мы не видим ничего хорошего в том, что люди, причастные к Бетуваксу, пытаются топить единственную действительно рабочую вакцину в России (причём находящуюся на уровне мРНК-вакцин по эффективности), при этом восхваляя свой продукт, пока что не показавший себя никак.

1. Adenovirus-vectored Covid-19 vaccines’ efficacy during a potential revaccination campaign likely to be stifled by antivector response, https://www.clinicaltrialsarena.com/comment/adenovirus-vectored-covid-19-vaccines-efficacy-during-a-potential-revaccination/
2. Juliana McElrath et al, HIV-1 vaccine-induced immunity in the test-of-concept Step Study: a case–cohort analysis, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673608615925
3. Jacqui Wise, Covid-19: New data on Oxford AstraZeneca vaccine backs 12 week dosing interval, https://www.bmj.com/content/372/bmj.n326.short
4. Revaccination, https://t.me/revaccination
5. 12º Informe de vigilancia de seguridad en vacunas, https://bancos.salud.gob.ar/recurso/12o-informe-de-vigilancia-de-seguridad-en-vacunas
6. Neal A. Halsey et al, The safety of influenza vaccines in children: An Institute for Vaccine Safety white paper, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X15015236
7. https://t.me/vaccines_truth/4

Скорее всего, к нашим вчерашним расчётам об отрицательной эффективности ЭпиВакКороны [1] следует добавить некоторые размышления на тему того, почему именно такие цифры могли получиться.

Прежде всего, эпидемиологическая эффективность действительно может быть отрицательной: например, если человек получит плацебо и перестанет соблюдать меры осторожности. Но эффективность в минус 214% – крайне серьёзные цифры, однако расчёты в целом верны: дело в том, что расчётная эффективность Спутника V и КовиВака совпадает с ожидаемой с крайне высокой точностью (для такого рода вычислений).

Гипотеза 1, неверная: на самом деле ЭпиВакКороной прививали до указанной даты, например, сотрудников РосПотребНадзора. Да, действительно, такое явление наблюдалось, но двумя компонентами ЭВК было привито 16269 человек, в то время как поставка ЭВК в Санкт-Петербург в апреле 2021 года была рассчитана на 14 тысяч человек [2]. Какое-то влияние привитых вне рамок гражданской вакцинации на эту статистику исключить нельзя, но оно будет минимальным (порядка 3 тысяч человек максимум со сдвигом на те месяцы, когда не было вспышки – можно не принимать в расчёт). Оговоримся сразу: даже если бы мы отсчитывали дату начала вакцинации ЭпиВакКороны с даты начала вакцинации Спутником, то эффективность ЭпиВака была бы нулевой. Но, конечно, это не так – она строго отрицательна.

Гипотеза 2: ЭпиВакКороной прививали уязвимые группы населения. Это верно в частности за счёт позиционирования ЭпиВака как «мягкой» вакцины [2]. Здесь вопрос может касаться не только вероятности заражения, а вероятности симптоматического течения: как известно, тяжесть заболевания растёт с возрастом.

Гипотеза 3: изменение социального поведения, отказ от дистанцирования и ношения средств индивидуальной защиты (СИЗ). Могло бы сыграть некоторую роль, если бы в Санкт-Петербурге люди носили СИЗ, что вызывает обоснованные сомнения, так как даже в общественном транспорте масочный режим не соблюдался. [3]

Гипотеза 4: ЭпиВакКорону выбирали люди, принципиально не соблюдавшие меры дистанцирования и не использующие СИЗ (антипрививочники/антимасочники). Действительно, после того, как были опубликованы научно обоснованные подозрения в полной неэффективности этого препарата [4,5], он стал пользоваться определённой популярностью среди антивакцинаторов, считавших, что это плацебо (это определённо не так: защиты, конечно, от ЭпиВака нет, но побочные эффекты никуда не деваются). Эта гипотеза предполагает, что значительная часть людей, выбравших ЭпиВакКорону, характеризуется самым нездоровым социальным поведением (худшим, чем среди непривитой популяции).

Гипотеза 5, жуткая: если вырабатываемые антитела действительно связываются с пептидами ЭпиВакКороны и химерным белком-носителем (ранее мы полагали, что исключительно с химерным белком-носителем [6]), то они гипотетически могут низкоаффинно связываться с S-белком SARS-CoV-2, что (опять же гипотетически) может вести к эффекту антителозависимого усиления инфекции. Мы не склонны рассматривать эту гипотезу как состоятельную на текущий момент, поскольку нет никаких данных в её пользу (и вряд ли они появятся), однако совсем отвергать её нельзя.

Краткое резюме: мы полагаем, что с наибольшей вероятностью эффект реального снижения эпидемиологической эффективности ЭпиВакКороны значительно ниже нуля могло дать сочетание факторов, описанных в гипотезах 2, 3 и 4.

1. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/10
2. Фонтанка, «ЭпиВакКорона» мягко пошла: в Петербурге делают первые прививки, https://www.fontanka.ru/2021/04/12/69862307/
3. РБК, В Петербурге пригрозили не пускать в транспорт без масок и перчаток, https://www.rbc.ru/society/19/05/2021/60a5393f9a7947502c589d02
4. Д. Лагуткин, А. Криницкий, «ЭпиВакКорона» глазами участников клинических испытаний и ученых-биологов, https://trv-science.ru/2021/03/epivakkorona-trials/
5. А.А. Криницкий et al, Исследование иммуногенности и потенциальной протективности вакцины «ЭпиВакКорона», https://covid19-preprints.microbe.ru/article/252
6. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/7

Опубликована статистика по заболеваемости после вакцинации в Санкт-Петербурге на 23.07.2021 [1]. По данным Комитета по здравоохранению, среди привитых Спутником V заболели 1,8%, КовиВаком – 0,9%, ЭпиВакКороной – 6%.

Если отбросить тот факт, что КовиВаком не вакцинируют граждан старше 60 лет (что положительно сказывается на его статистике), то мы можем даже примерно рассчитать эффективность каждой из вышеперечисленных вакцин против заражения.

Для этого нам нужно знать население Санкт-Петербурга: 5384342 человека [2], даты начала вакцинации ЭпиВакКороной: 12.04.2021 [3], КовиВаком: 25.05.2021 [4] и Спутником (05.12.2020 начали вакцинировать уязвимые группы населения), также нам потребуется статистика заболеваемости на данные даты [5].

Эти даты нам следует сдвинуть для того, чтобы получить даты первого введения второй дозы препарата: 26.12.2020 для Спутника (+3 недели), 26.04.2021 для ЭпиВакКороны (+2 недели), 08.06.2021 для КовиВака (+2 недели)

Период с указанных дат для Спутника составил 209 дней. За этот период заболело 14672 вакцинированных двумя дозами любого из трёх препаратов. Количество заболевших на начало периода составило 223336 человек, на конец периода – 513329 человека [5], за указанный период заболело 275321 невакцинированных человек, или 6,09% от их количества.

Для КовиВака данный период составил 45 дней. Мы не можем точно узнать количество заболевших вакцинированных за этот период. На начало этого периода заболело 446427 человек [5], следовательно, за этот период заболело 66902 человек. Мы не знаем точное количество вакцинированных, заболевших за этот период, поэтому воспользуемся приближением: (14672 * 66902) / 289993 = 3385 человек. На начало периода в Санкт-Петербурге было привито 604672 человека [6]. Таким образом, за этот период заболело 63517 непривитых петербуржца, или 1,33 % от их количества.

Для ЭпиВакКороны данный период составил 88 дней. На начало этого периода заболело 412864 человек [5], следовательно, за этот период заболело 100465 человек. Для вакцинированных воспользуемся приближением воспользуемся приближением: (14672 * 100465) / 289993 = 5083 человека. На начало периода в Санкт-Петербурге было привито 392940 человек [6]. Таким образом, за этот период заболело 95392 непривитых петербуржца, или 1,91% от их количества.

Попробуем рассчитать эпидемиологическую эффективность вакцин за указанные периоды.
Для Спутника: 1-(1,8/6,09) = 70,4%
Для КовиВака: 1-(0,9/1,33) = 32,3%
Для ЭпиВакКороны: 1-(6/1,91) = -214% (минус 214% !!!!!!)

Прививайтесь своим ЭпиВаком сами.

1. Фонтанка, В Смольном рассказали, какая из трех вакцин защитила петербуржцев от коронавируса лучше всего, https://www.fontanka.ru/2021/08/02/70057487/
2. Росстат, Оценка численности постоянного населения на 1 января 2021 года и в среднем за 2020 год, https://web.archive.org/web/20210319185917/https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/wJkrbrPg/Popul2021_Site.xls
3. Фонтанка, «ЭпиВакКорона» мягко пошла: в Петербурге делают первые прививки, https://www.fontanka.ru/2021/04/12/69862307/
4. КовиВак — CoviVac :: Проект V1V2, https://t.me/CoviVacChumakova/39908
5. COVID-19 Data Repository by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University, https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19.git
6. GOGOV, Количество привитых от коронавируса в Санкт-Петербурге, https://gogov.ru/covid-v-stats/spb

БиоКад и новая векторная вакцина

С начала пандемии БиоКад успел посотрудничать в изготовлении разного рода векторных вакцин: первой была совместная с Вектором вакцина на основе вируса везикулярного стоматита (не имеет никакого отношения к печально известной ЭпиВакКороне) [1]. На сегодняшний день ни одна вакцина от SARS-CoV-2 на основе rVSV не удалась, а сведения о них очень обрывочны – насколько нам известно, все они провалились на этапе доклиники. Это немного печально, ведь раньше rVSV замечательно показал себя в качестве вакцинного вектора от Эболы.

Все ныне существующие векторные вакцины от SARS-CoV-2 построены на аденовекторах – это Спутник V (Ad26 + Ad5), AstraZeneca (ChAd26), Janssen (Ad26), Convidecia (Ad5). БиоКад, разумеется, участвует в производстве именно Спутника [2], но сейчас они начали испытания вакцины собственного дизайна на основе аденоассоциированного вектора (AAV) [3]. Что же здесь странного?

Аденоассоциированный вирус – это не аденовирус. Его геном очень мал (4,7 тысячи нуклеотидов) [4], состоит из регионов rep (репликация) и cap (капсид). Сам по себе AAV неспособен реплицироваться – для этого ему нужен другой вирус (аденовирус или герпесвирус). Разные серотипы AAV тропны к разным тканям. Геном AAV, представленный одноцепочечной ДНК, достраивается до двух нитей и может подолгу существовать в ядре в виде эписомальной ДНК, но что самое важное – он способен (правда, не с очень высокой частотой) встраиваться в 19 хромосому (можем посоветовать [5] в качестве научно-популярного объяснения).

Эти качества AAV делают его идеальным инструментом для некоторых видов генной терапии, однако выбор rAAV (рекомбинантного AAV) в качестве вектора для вакцины представляется крайне необычным.

Другая особенность этой вакцины – использование RBD, а не целого S-белка. Попытки создания рекомбинантных субъединичных вакцин на основе только RBD уже предпринимались и мы с нетерпением ждём каких-либо данных об их эффективности; мы действительно не так много знаем о роли антител к NTD, хотя и подозреваем, что они весьма важны.

Учитывая, что разрешены I/II фазы КИ новой вакцины БиоКада, следует думать, что доклинику эта вакцина прошла. Что ж, с нетерпением ждём хоть каких-то подробностей.

[1] Biocad сможет начать массовое производство вакцины от COVID-19 к концу года, https://www.forbes.ru/tehnologii/401583-biocad-smozhet-nachat-massovoe-proizvodstvo-vakciny-ot-covid-19-k-koncu-goda
[2] БиоКад стал четвёртой площадкой для производства вакцины Спутник V, https://vademec.ru/news/2020/12/15/biokad-stal-chetvertoy-ploshchadkoy-dlya-proizvodstva-vaktsiny-sputnik-v/
[3] Государственный реестр лекарственных средств, https://grls.rosminzdrav.ru/CIPermissionMini.aspx?CIStatementGUID=fbb77586-7fff-453b-9c30-061eddebce6b&CIPermGUID=5F1DA329-EFA5-4751-A44F-AB9884412F13
[4] R. Jude Samulski, Nicholas Muzyczka, AAV-Mediated Gene Therapy for Research and Therapeutic Purposes, https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-virology-031413-085355
[5] Виктория Скопенкова, Анна Шмидт, Крохотные курьеры: как аденоассоциированные вирусы спасают жизни, https://biomolecula.ru/articles/krokhotnye-kurery-kak-adenoassotsiirovannye-virusy-spasaiut-zhizni

Сегодня хотелось бы немного поговорить о следующих высказываниях Александра Гинцбурга, руководителя центра Гамалеи, и Константина Чернова, директора по развитию центра Чумакова.

«Победу отдали, несмотря на очевидное: количество смертей от РНК-содержащих вакцин (по этой технологии сделана Moderna) намного превышает количество смертей на 100 тысяч от AstraZeneca… Pfizer отдавать (победу) совсем было неприлично, потому что количество смертей там столько... в 25 раз больше, чем у AstraZeneca» [1]

«Там смертей – не побочных эффектов, смертей – от Pfizer цифра на миллион применений доходит в некоторых странах до 40 человек. Не побочных эффектов, подчёркиваю, смертей...» [2]

Эти 40 человек (а если быть точнее, 41) уже всплывали в одной статье [3] (отозванной в том числе и нашими усилиями тоже). Данные взяли из статистики по Нидерландам, где вакцинация шла по классической для Европы схеме по группам риска [4]:

1. Работники домов престарелых/инвалидов, сотрудники СМП и ковидариев
2. Граждане 80+
3. Граждане 75+
4. Массовая гражданская вакцинация.

Статистика была взята на срезе 29 мая 2021, когда большинство вакцинированных составляли как раз группы 1, 2 и 3, а из группы 4 в статистику вакцинированных могли попасть только единицы. Таким образом, всё, что мы видим – это статистику смертей среди пожилых, причём, как указано в источнике этих данных [5], «смерть после вакцинации не означает, что побочный эффект вакцины является причиной смерти».

Всё, что сделали господа Гинцбург и Чернов – сравнили смертность среди молодой популяции (КовиВак прививают до 60 лет, Спутник разрешили для пожилых в конце декабря 2020, но вакцинация изначально была доступна для 18+) со смертностью среди пожилых.

Остаётся только догадываться, почему представители научных учреждений использовали антивакцинаторскую риторику вместо того, чтобы трезво взглянуть на представленные данные.

[1] Александр Гинцбург, центр Гамалеи, https://ria.ru/20210506/moderna-1731274322.html
[2] Константин Чернов, центр Чумакова, https://www.youtube.com/watch?v=hBpB3jiV0xs (13:15)
[3] Harald Walach et al, «The Safety of COVID-19 Vaccinations – We Should Rethink the Policy», https://www.mdpi.com/2076-393X/9/7/693/htm
[4] Нидерланды разрешили прививать подростков вакциной Pfizer, https://ria.ru/20210630/pfizer-1739264438.html
[5] Update van bijwerkingen, https://www.lareb.nl/pages/update-van-bijwerkingen