Большой резонанс получило дело Кононова - в 1998 году, буржуазно-националистический режим Латвии арестовал ветерана и обвинил его в "военных преступлениях" и "бандитизме".
Обвинение утверждало, что 27 мая 1944 года партизаны отряда Кононова казнили нескольких гитлеровских пособников.
До этого, в феврале того же года, эти жители вызвали в село полицаев и выдали на расправу фашистам целый партизанский отряд майора Чугунова из 12 человек, включая медсестру с маленьким ребёнком.
За своё предательство, коллаборанты получили от оккупационных властей сахар, деньги и строительные материалы.
Партизаны провели расследование и на трибунале приговорили жителей села, причастных к предательству, к смерти.
Утверждалось, что Кононов лично застрелил старшего полицая Булса, который организовал расправу над партизанами.
Двенадцать партизан, войдя в деревню Малые Баты, постучались в дверь дома местного жителя Модеста Крупниекса, который накормил и уложил их спать в сарае.
После того, как хозяин дома убедился, что отряд красных партизан спит, он сообщил о них своему соседу Булсу, старшему группы полицаев-шуцманов в этом селе. Тот сразу же поехал в соседнюю деревню, где располагался немецкий гарнизон.
Утром сарай с партизанами был окружён немцами, подожжён и все, кто в нём находился, погибли в огне. Вырваться из запертого сарая попытались радист и медсестра Таня с ребёнком, но они были расстреляны при выходе пулемётными очередями.
По итогам спецоперации по уничтожению партизан Крупниекс получил от оккупационных властей награду — деньги, новую веялку, 10 кг сахара и строительный лес.
Согласно показаниям Кононова, данным им на судебном процессе, отряд был инструктирован захватить шесть полицаев, чтобы они предстали перед судом.
Также, по признанию адвоката Василия Кононова Михаила Иоффе, он несколько раз пытался донести до судей, что, согласно Всеобщей декларации прав человека, «никто не может быть осуждён за преступление на основании деяния или за бездействие, которые во время их совершения не составляли преступления по национальным законам или по международному праву», так что Василий Кононов вообще не является субъектом данного преступления.
В 2000 году Рижский окружной суд приговорил Василия Кононова к шести годам лишения свободы «за геноцид, преступления против человечности», но после обжалования приговора в апреле 2001 года Верховный суд Латвии освободил Кононова из-под стражи и направил дело на доследование.
3 октября 2003 года Латгальский окружной суд снял с Кононова обвинения в военных преступлениях, но признал виновным в бандитизме. Поскольку бандитизм не попадает в категорию преступлений, по которым нет срока давности, окружной суд освободил Кононова от уголовной ответственности.
Прокуратура опротестовала это решение, и на возобновившемся процессе прокурор потребовал для подсудимого наказания в виде 12 лет лишения свободы.
В 2004 году Верховный суд Латвии Кононова признал виновным в военных преступлениях, но тут же освободил его в зале суда, так как тот уже отбыл назначенное ему наказание — один год и восемь месяцев.
Однако Кононов опротестовал приговор в Европейском суде по правам человека в Страсбурге.
ЕСПЧ четырьмя голосами против трёх постановил частично удовлетворить иск Кононова, и обязал латвийские власти выплатить ему компенсацию в 30 тысяч евро и также единогласно принял решение об отклонении всех остальных требований истца.
Несмотря на издевательства, тюремное заключение и суды, в интервью журналистам ветеран с присущим ему юмором говорил, что уже привык к постоянной борьбе, что она его укрепляет и делает ещё сильнее.
Заслуженный фронтовик и сотрудник милиции, Василий Кононов имел 27 советских государственных наград, в том числе Орден Ленина, Орден Отечественной войны 1-й степени и Орден Трудового Красного Знамени.
Вечная память несломленному фронтовику и отважному борцу с бандитизмом и фашизмом Василию Кононову!